Bioinformática Básica

La bioinformática puede parecer compleja cuando se observa desde fuera: secuenciación, archivos FASTQ, pipelines, Linux, estadística, diversidad microbiana, R, bases de datos… demasiados conceptos nuevos al mismo tiempo. Este curso está diseñado precisamente para ordenar ese panorama y construir una base sólida desde el principio.

Bioinformática Básica ofrece una introducción progresiva al análisis de datos biológicos generados mediante secuenciación. Comenzaremos entendiendo de dónde surge la bioinformática, qué preguntas permite responder y cómo una muestra biológica termina convirtiéndose en datos que pueden ser procesados, analizados e interpretados.

Antes de utilizar software, comprenderemos la lógica que existe detrás de la secuenciación. Revisaremos las principales tecnologías y plataformas, qué tipo de información producen, cuáles son sus diferencias y por qué la elección de una tecnología depende siempre de la pregunta biológica que queremos responder.

A partir de ahí entraremos en el mundo de las ciencias ómicas, diferenciando conceptos que con frecuencia se confunden: genómica, transcriptómica, metagenómica y metabarcoding. El curso tendrá un énfasis especial en metabarcoding y análisis de comunidades microbianas mediante el gen 16S, pero también proporcionará las bases necesarias para comprender cómo se aborda un estudio transcriptómico.

La parte práctica comienza con una introducción a Linux y la línea de comandos, una herramienta fundamental en bioinformática. No se requiere experiencia previa: trabajaremos desde comandos básicos hasta comprender cómo se organizan archivos, directorios y datos dentro de un flujo de análisis.

Posteriormente utilizaremos QIIME 2 para conocer la estructura de un pipeline bioinformático aplicado a datos 16S. Trabajaremos los conceptos esenciales de importación de datos, evaluación y filtrado de calidad, procesamiento de secuencias, construcción de tablas de abundancia, clasificación taxonómica y análisis de diversidad alfa y beta.

Pero procesar datos es solo una parte del trabajo. También aprenderemos a explorarlos y entenderlos. Con R y RStudio abordaremos los principios básicos para organizar, visualizar e interpretar datos de microbiomas, incluyendo abundancia, prevalencia, rarefacción, comparación entre grupos y exploración estadística inicial.

Además, conoceremos MicrobiomeAnalyst como una alternativa basada en web para explorar datos microbiológicos mediante herramientas visuales y estadísticas sin depender exclusivamente de programación.

El curso también incorpora aspectos que muchas veces se dejan para el final, pero que en realidad determinan la calidad de cualquier análisis: control de calidad, diseño experimental, bioestadística básica, organización de metadatos, interpretación crítica de resultados y preparación de datos para su depósito en repositorios públicos como NCBI.

El propósito de este curso no es memorizar comandos ni convertir al estudiante en especialista en unas pocas clases. El objetivo es mucho más importante: que pueda mirar un conjunto de datos de secuenciación, entender qué contiene, reconocer las principales etapas de su análisis y tomar decisiones con criterio.

Al finalizar, el estudiante contará con una visión integrada del flujo de trabajo bioinformático y con las bases necesarias para continuar hacia análisis más avanzados con mayor seguridad y comprensión.